1966年5月至1976年10月的“文化大革命”，使全省的统一战线和人民政协工作遭到了严重的破坏，政协组织陷于解体；1966年8月下旬，三届省政协被迫停止活动。

　　1976年10月粉碎江青反革命集团（即“四人帮”）后，三届省政协开始恢复工作，逐步开展一些活动如组织和推动各界爱国人士和知识分子参加揭批“四人帮”的斗争，参加政协中心组学习，开展对台湾国民党军政人员的宣传活动，组织学术报告会，进行学术交流等。

　　1977年12月18日，省政协举行三届六次常委会议，讨论召开省政协四届一次会议有关事项。12月27日至1978年1月5日，福建省政协举行四届一次会议。本届委员492人，比三届委员人数多了50％，代表26个界别。会议选举廖志高为四届省政协主席，林一心、袁改、倪南山、贾久民、贺敏学、尤扬祖、陈希仲、卢嘉锡、郭瑞人、王世锐、卢浩然为副主席，袁改兼秘书长。1978年初，省政协机关从福州圣庙路旧址迁往湖东路省政协大院（社会主义学院现址）办公（1981年初省政协机关又从湖东路迁到福州五四路新建的办公大楼办公）。1978年12月，中共十一届三中全会后，中国进入以实现工业、农业、国防和科学技术现代化为中心任务的新的历史时期，中国的统一战线也进入一个新的历史发展阶段。这是人民政协也是福建省政协历史发展的第四阶段。1978年12月16日至22日，省政协举行四届二次会议，根据中央关于省级班子统筹安排的批示，中共福建省委第一书记廖志高不再兼任省政协主席，林一心、贾久民、贺敏学、卢嘉锡4人因工作调动或兼职过多，不再继续担任副主席。会议补选伍洪祥为四届省政协主席，增补熊兆仁、郑瑛、魏金水、倪松茂、郑丹甫、左丰美为副主席。1983年4月19日至27日，省政协举行五届一次全体会议。会议选举伍洪祥为五届省政协主席，陈希仲、张克辉、蒋学道、倪松茂、许显时、赵修复、卢浩然、左丰美、郑丹甫、卢叨、陈仰曾为副主席，选出常委102人。1985年10月21日至24日，省政协举行五届四次会议。伍洪祥、卢叨、顾耐雨等13人因年龄关系，会议同意他们辞去省政协的职务，补选袁改为五届省政协主席、许集美为副主席、杨钟蠡为秘书长。1987年9月袁改主席病逝后，由陈希仲副主席主持工作。

　　四、五两届省政协共召开过10次全体会议，39次常务委员会议，会议制度得到贯彻，工作机构和办事机构逐步得到恢复和加强。1980年6月，中共福建省委为加强党对政协工作的领导，批准成立了省政协党组，由省政协主席伍洪祥任党组书记、袁改任副书记。1983年4月，省政协办公厅成立。到1987年，省政协已设立了学习、文史、科技、教育、法制、提案、三胞7个委员会和秘书、人事、宣传、联络、行政5个处及学习、文史、工作委（组）3个办公室，改变了“文化大革命”前一直只有一处（秘书处）一室（文史资料研究委员会办公室）的状况，为政协工作的恢复、发展提供了有力的保障。1986年4月、1987年2月和4月，省政协先后在龙岩、宁德、南平地区设立联络组（1989年4月14日省政协六届五次常委会议后改为政协地区工委），以加强对市县政协的联系的指导。

　　这一时期，省政协认真贯彻执行中共十一届三中全会以来的路线、方针、政策，拨乱反正，不断清除政协工作中“左”的错误影响，把政协工作着重点转移到为社会主义现代化建设的轨道上来，发挥政协主要职能，围绕党和政府中心任务，开展政治协商、民主监督，对有关国家和本省经济、政治和群众生活等重大问题，提出宜兴宜革的意见和建议；广泛宣传、贯彻中共有关和平统一祖国的方针、政策，积极开展海外联谊活动，发展爱国统一战线，促进祖国统一；通过各种形式和方法，开创政协工作新局面，发挥政协在地方两个文明建设中的积极作用；发挥政协智力优势，组织、推动委员和各界人士为四化建设和统一祖国献计出力；认真落实好委员和其他方面的统战政策，解决好委员知情、出力问题，调动他们为四化建设服务的积极性；加强与市县政协的联系，推动地方政协工作的开展；文史资料工作有大的发展，共征稿1712篇，1075万字。这些都对福建省的改革开放和社会主义物质文明和精神文明建设起了重要的促进作用。

　　省政协六届一次会议于1988年1月18日至27日在福州召开。本届委员562名，代表29个界别。委员平均年龄降低4.9岁。会议选举中共福建省委书记陈光毅为六届省政协主席，陈希仲、张克辉、凌青、倪松茂、赵修复、卢浩然、陈仰曾、许集美、高胡、洪华生、林梦飞为副主席，杨钟蠡为秘书长，选出常委107名。六届一次常委会议决定设立学习、文史资料研究、提案、“三胞”联谊4个委员会和经济建设、科技、教育、法制、医药卫生、文化、妇女、民族宗教8个工作组。1989年4月省政协六届五次常委会议决定将原设4个委员会和8个工作组调整合并为提案、学习、文史资料、经济科技、文教卫体、社会法制、“三胞”联谊7个委员会。六届省政协陆续制定试行了常委会工作规则、专门委员会组织通则、秘书长、副秘书长工作规则和省政协地区工作委员会简则等一些规章制度，对推进政协工作制度化、规范化起了积极作用。

　　六届省政协共召开5次全体会议、22次常委会议。在中共福建省委领导下，省政协认真贯彻党的“一个中心，两个基本点”的基本路线，坚持和完善中共领导的多党合作和政治协商制度，围绕改革开放和经济建设开展政治协商、民主监督，以团结和民主为主题努力发展最广泛的爱国统一战线，为维护我省安定团结的政治局面，推进有中国特色社会主义现代化建设，健全社会主义民主和法制，促进“和平统一，一国两制”作出积极的贡献。